Священный Синод Русской Православной Церкви, на своем заседании 28 декабря 2011 года, постановил: образовать в административных границах Баганского, Доволенского, Здвинского, Карасукского, Кочковского, Краснозерского, Купинского, Ордынского и Чистоозерного районов Новосибирской области, — Карасукскую епархию, выделив ее из состава Новосибирской епархии. Епархиальному архиерею Карасукской епархии иметь титул «Карасукский и Ордынский». Епископом Карасукским и Ордынским избрать игумена Филиппа (Новикова), клирика Новосибирской епархии.
24 февраля 2012 года, в канун праздника Иверской иконы Божией Матери и дня памяти святителя Алексия, митрополита Московского и всея России чудотворца, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, по окончании всенощного бдения в Богоявленском кафедральном соборе г. Москвы, возглавил чин наречения архимандрита Филиппа во епископа Карасукского и Ордынского.
11 марта 2012 года, в неделю 2-ю Великого поста, день памяти святителя Григория Паламы, архиепископа Фессалонитского, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл посетил Покровский Хотьковский ставропигиальный женский монастырь, расположенный близ города Сергиева Посада. В Покровском храме обители Предстоятель Русской Православной Церкви возглавил служение Литургии святителя Василия Великого, за которой была совершена хиротония архимандрита Филиппа во епископа Карасукского и Ордынского.
2 апреля под председательством епископа Филиппа в Карасукском епархиальном управлении прошло первое собрание духовенства Карасукской епархии. Епархиальным собранием было образовано два благочиния – Центральное (благочинный — иеромонах Мелхиседек (Свистелин) и Восточное (благочинный — иерей Андрей Гусев).
Было принято решение организовать следующие епархиальные отделы: миссионерский, образования и просвещения, по окормлению осужденных, по взаимодействию с Вооруженными силами и правоохранительными учреждениями, по взаимодействию с медицинскими учреждениями, отдел по церковной благотворительности и социальному служению.
С образованием епархии активизировалась миссионерская, социальная, катихизическая деятельность приходов. Во всех молитвенных домах стали регулярно проводиться богослужения. Усилилась также работа с администрациями районов. По многим направлениям ведется совместная работа с государственными институтами.
В настоящее время на территории епархии находятся 32 храма и молитвенных дома, 6 часовен, 2 монастыря. Совершают служение 12 священнослужителей.
