24 июля 1853 года в селе Ордынском Барнаульского уезда Томской губернии была заложена Никольская церковь, и усердием прихожан к 1863 году ее строительство было завершено. Здание храма и колокольня были деревянными на каменном фундаменте.
Единственный престол был освящен в честь святителя Николая, Мир Ликийских чудотворца.
Богослужение совершал протоиерей Михаил Вавилов с диаконом и пономарем.
Согласно данным метрической книги за 1857 год настоятелем храма был священник Иоанн Минералов. При нем было два диакона: Николай Евстронов и Симеон Добролюбов. Известно также имя дъячка — Андрей Албихехилов.
В 1861 году епископом Порфирием в священники был рукоположен Петр Веленугин — сын дьячка.
28 апреля 1865 года Никольская церковь сгорела. Настоятелем тогда был священник Петр Веленугин, дъяконом служил Иоанн Никоволин.
По благословению епископа Томского и Семипалатинского Петра (Федор Алексеевич Екатериновский; 1820 — 1889) на месте сгоревшего был построен новый храм, который освятили 14 ноября 1883 года.
При храме имелась начальная министерская школа, в которой учились 42 мальчика и 6 девочек. В 1897 году было открыто приходское попечительство, председателем которого являлся священник Евфимий Азбукин.
С 1924 по 1937 годы настоятелем служил протоиерей Николай Ермолов, благочинный Ордынского округа. В 1937 году по ложному обвинению протоиерей Николай (Ермолов) был арестован и расстрелян вместе со священником Иннокентием Кикиным, настоятелем Никольского храма с. Нижнекаменки.
Священники реабилитированы в 1958 году, а в 2002 году причислены к лику священномучеников Новосибирских.
В 1937 году, 23 сентября, Никольская Церковь была закрыта, а здание храма передали Ордынскому Дому культуры.
В 1956 году, 23 ноября, здание Церкви перенесли из зоны затопления (под Обское водохранилище) на улицу Маяковского, дом 25. На месте, где раньше стоял храм, установлен памятный крест.
До 1991 года в здании храма располагался районный Дом пионеров и Отдел культуры. Только 26 апреля 1991 года после ходатайства прихожан православной общины и трудами Голощапова Михаила Капитоновича решением Ордынского районного Совета народных депутатов здание дома пионеров было возвращено Русской Православной Церкви.
26 декабря 1992 г. епископ Новосибирский и Барнаульский Тихон освятил храм во имя Святителя Николая, благословив совершать здесь богослужения.
Настоятелем прихода в то время служил священник Георгий Лопатков, отдавший много сил для восстановления церковной жизни.
После кончины отца Георгия его преемником с 1995 по 1997 годы был священник Олег Просенков, который активно продолжил обустройство храма. Над храмом был установлен купол, обновлен иконостас.
С мая 1998 года по март 2015 года по благословению епископа Новосибирского и Бердского Сергия (Соколов Серафим Владимирович, 14.07.1951 — 20.10.2000) настоятелем Никольского храма служил священник Георгий Кулаков.
За время его служения в р.п. Ордынском был выстроен храм во имя иконы Божией Матери «Неопалимая Купина» и Собор в честь Живоначальной Троицы, который был освящен 14 августа 2015 года епископом Карасукским и Ордынским, Преосвященнейшим владыкой Филиппом.
С марта 2015 года по благословению Преосвященнейшего Филиппа, епископа Карасукского и Ордынского, настоятелем Никольского храма служит иерей Николай Иванов.
